Mặc dù có nhiều tính năng khác nhau trong mỗi tựa game, nhưng các khía cạnh chính của trò chơi trong mỗi tựa game đều giống nhau. Người chơi đảm nhận vai trò của một Pokémon được biến đổi từ người, được tìm thấy bởi Pokémon của họ khi bắt đầu trò chơi. Trước khi trò chơi bắt đầu, người chơi sẽ cần trải qua bài kiểm tra tính cách; điều này sẽ quyết định người chơi sẽ lấy Pokémon nào trong trò chơi (ngoại trừ các trò chơi WiiWare, Gates to Infinity và Super Mystery Dungeon, nơi người chơi có thể tự do chọn lựa). Luật chơi dựa trên một trò chơi roguelike cổ điển, với người chơi điều hướng hầm ngục được tạo ngẫu nhiên với đội Pokémon của họ. Chuyển động và hành động theo lượt; Người chơi có thể sử dụng các đòn tấn công cơ bản, di chuyển Pokémon và vật phẩm. Trò chơi bắt đầu với một Pokémon khởi đầu, nhưng người chơi có thể chiêu mộ những Pokémon khác mà họ gặp trong ngục tối vào đội của họ ngay sau nhiệm vụ đầu tiên.